در کتاب دیگرش به نام تفسیر سوره‏ کوثر درباره‏ی غیبت حضرت مطلبی آورده که خلاصه و ترجمه‏ی آن چنین است:

فلا شک فی وجود الامام الغائب القائم المستور سلام الله علیه. 

ترجمه: پس شکی در وجود امام قائم غایب نیست. محققا وجود او هم چون آفتاب در وسط ظهر ظاهر و هویدا است. 
و ادامه می‏دهد: 
هر کس درباره‏ی او شک نماید، در قدرت خدا شک نموده که به تحقیق کافر شک زده‏ای است.

میرزا علی محمد در کتاب تفسیر سوره‏ی کوثر درباره‏ی طول عمر امام زمان (علیه السلام) از امام صادق (علیه السلام) حدیثی را نقل کرده که بخشی از ترجمه‏ی آن این است: 

و اما بنده‏ صالح خضر (علیه السلام)؛ به درستی که خداوند عمر او را برای نبوت و نسخ شریعت پیامبران گذشته و نیز امامت و رهبری بر مردم نمی‏باشد؛ بلکه به درستی که خداوند تبارک و تعالی چون در عملش چنین مقدر شده بود که عمر امام زمان (علیه السلام) را در ایام غیبت به آن مقداری که مقدر است طولانی نماید و چون می‏دانست که بندگانش نسبت به طول عمر امام زمان (علیه السلام) ایراد و انکار می‏نمایند، لذا عمر خضر را طولانی کرد تا به طول عمر او، به عمر حضرت قائم استدلال نمایند و بدین وسیله دلیل دشمنانش را قطع کند.
سپس درباره‏ غیبت صغرا و نواب اربعه و غیبت کبرای امام زمان (علیه السلام) توضیح می‏دهد و اضافه می‏کند که هر کس به چهار نفر نواب خاصه‏ آن حضرت اقرار و ایمان نداشته باشد و آنان را انکار کند، کافر است.